生物修復(fù)技術(shù)有著其他方法無(wú)法比擬的優(yōu)點(diǎn)，但也有其自身的局限性，主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面。

(1)微生物不能降解所有進(jìn)入環(huán)境的污染物，由于污染物的難降解性、不溶性以及與土壤腐殖質(zhì)或泥土結(jié)合在一起，常常使生物修復(fù)不能進(jìn)行。

(2)這一技術(shù)在應(yīng)用時(shí)要對(duì)污染地點(diǎn)和存在的污染物進(jìn)行詳細(xì)考察，如在一些低滲透的土壤中可能不宜使用生物修復(fù)，因?yàn)檫@類(lèi)土壤或在這類(lèi)土壤中的注水井會(huì)由于細(xì)菌生長(zhǎng)過(guò)多而阻塞。

(3)特定的微生物只降解特定類(lèi)型的化學(xué)物質(zhì)，狀態(tài)稍有變化的化合物就可能不會(huì)被同一微生物酶所破壞。

(4)這一技術(shù)受各種環(huán)境因素的影響較大，因?yàn)槲⑸锘钚允軠囟取⒀鯕狻⑺帧?span style="font-family:Calibri">pH值等環(huán)境條件變化的影響。與物理法、化學(xué)法相比，這一技術(shù)治理污染土壤的時(shí)間相對(duì)較長(zhǎng)。

(5)有些情況下，生物修復(fù)不能將污染物全部去除，當(dāng)污染物濃度太低，不足以維持降解細(xì)菌的群落時(shí)，殘余的污染物就會(huì)留在土壤中。正式這些局限性的存在，使得土壤修復(fù)必須要遵循一定的原則：(1)適合的微生物是指具有生理和代謝能力并能降解污染物的細(xì)菌和真菌。在許多情況下，修復(fù)位點(diǎn)處就有降解微生物存在，如果在反應(yīng)器內(nèi)處理高濃度有毒污染物，則需要加入外源微生物。(2)適合的地點(diǎn)是指要有污染物和合適的微生物相接觸的地點(diǎn)，如在表層土壤中存在的降解苯微生物是無(wú)法降解位于蓄水層中的苯系污染物，只有抽取污染水到地面在地上生物反應(yīng)器內(nèi)處理，或?qū)⒑线m的微生物引入污染的蓄水層中處理。(3)適合的環(huán)境條件是指要控制或改變環(huán)境條件，使微生物的代謝和生長(zhǎng)活動(dòng)處于最佳狀態(tài)。環(huán)境因子包括溫度、無(wú)機(jī)營(yíng)養(yǎng)鹽(主要是氮和磷)、電子受體(氧氣、硝酸鹽和硫酸鹽)和pH值等。盡管生物修復(fù)技術(shù)多種多樣，生物修復(fù)的地點(diǎn)千差萬(wàn)別，但上述的3個(gè)原則，確實(shí)所有生物修復(fù)技術(shù)都需要遵循的原則。